A narrativa se passa na Itália no período medieval. O cenário é um mosteiro beneditino, onde um frei é chamado para fazer parte de um concílio do clero que investiga crimes de heresia. Entretanto, assassinatos misteriosos começam a ocorrer.
O enredo d'O Nome da Rosa gira em torno das investigações de uma série de crimes misteriosos, cometidos dentro de uma abadia medieval.
'''- Muito me agradou saber - acrescentou o Abade - que em numerosos casos vós haveis decidido pela inocência do acusado. Creio, e mais do que nunca nestes dias tristíssimos, na presença constante do maligno nas coisas humanas - e olhou em torno, imperceptivelmente, como se o inimigo vagueasse entre aquelas paredes -, mas creio também que muitas vezes o maligno opera por causas segundas. E sei que pode impelir as suas vítimas a fazer o mal de tal modo que a culpa recaia sobre um justo, gozando com o fato que o justo seja queimado em lugar do seu súcubo. Frequentemente, os inquisidores, para darem prova de diligência, arrancam a todo o custo uma confissão ao acusado, pensando que só é bom inquisidor aquele que conclui o processo encontrando um bode-expiatório... - Até um inquisidor pode ser movido pelo diabo - disse Guilherme. - É possível - admitiu o Abade com muita cautela -, porque os desígnios do Altíssimo são imperscrutáveis, mas não serei eu a lançar a sombra da suspeita sobre homens tão beneméritos. É mesmo de vós, como um deles, que eu hoje tenho necessidade."
(p.19)
Quando o monge franciscano Guilherme de Baskerville chega a um monastério beneditino no norte da Itália, em 1327, ele não imaginava o que iria viver nos próximos dias.
Guilherme leva consigo o noviço Adso de Melk, um jovem vindo de uma família da elite que está sob sua tutoria.O narrador da história é o velho Adso, que relembra os acontecimentos em sua juventude. Aqui já é possível perceber o contraste entre a juventude e a velhice, ao colocar a mesma personagem em dois momentos da vida diferentes.
Os dois chegam à cavalo ao enorme mosteiro e são levados a um aposento em que da janela é possível ver um pequeno cemitério. Guilherme observa um urubu rondando uma cova recém coberta e fica sabendo que um jovem pároco havia falecido há pouco tempo em circunstâncias duvidosas.
A investigação
A partir de então, mestre e aprendiz iniciam uma investigação sobre o caso, que é visto como obra do demônio pelos demais religiosos.
Com o passar do tempo, outras mortes ocorrem e Guilherme e Adso buscam relacioná-las e entender o mistério que ronda a instituição religiosa.
Assim, eles descobrem que a existência de uma biblioteca secreta estava interligada aos acontecimentos mórbidos do lugar. Tal biblioteca guardava livros e escrituras considerados perigosos para a Igreja Católica.
Isso porque tais registros continham ensinamentos e reflexões da antiguidade clássica que colocavam em cheque os dogmas católicos e a fé cristã.
Uma das crenças difundidas pelos poderosos do alto clero era a de que o riso, a diversão e a comédia desvirtuavam a sociedade, tirando o foco da espiritualidade e o temor à Deus. Assim, não era recomendado que os religiosos rissem.
Um dos livros proibidos que estava na biblioteca era uma suposta obra do pensador grego Aristóteles que versava justamente sobre o riso.
O abade cego pergunta ao investigador William de Baskerville:
"Que almejam verdadeiramente?"
Baskerville responde: " Eu quero o livro grego, aquele que, segundo vocês, nunca foi escrito. Um livro que só trata de comédia, que odeiam tanto quanto risos.
Provavelmente é o único exemplar conservado de um livro de poesia de Aristóteles. Existem muitos livros que tratam de comédia. Por que esse livro é precisamente tão perigoso?"
O abade responde: " Porque é de Aristóteles e vai fazer rir
Baskerville replica: " O que há de perturbador no fato de os homens poderem rir?"
O abade: "O riso mata o medo, e SEM MEDO NÃO PODE HAVER FÉ. Aquele que não teme o demônio não precisa mais de Deus".
Guilherme e Adso conseguem, através do pensamento racional e investigativo, chegar até a biblioteca, um local que continha um enorme número de obras. A construção de tal lugar era bastante complexa, o que a transformava em um verdadeiro labirinto.
Os abusos da Igreja e a paixão de Adso.
A trama conta também com cenas que denunciam os abusos da Igreja cometidos contra os camponeses. Eles costumavam fazer doações de comida ao povo pobre em troca de exploração sexual.
Em dado momento, Adso depara-se com uma jovem mulher (a única que aparece no enredo), e os dois envolvem-se sexualmente, em uma cena cheia de erotismo e culpa. Adso passa a desenvolver sentimentos amorosos pela camponesa.
Eis que chega ao monastério um antigo desafeto de Guilherme, Bernardo Gui, um poderoso frei que é um dos braços da Santa Inquisição. Ele vai até lá para apurar denúncias de atos hereges e bruxarias.
Bernardo se coloca então como um obstáculo para que Baskerville e Adso concluam suas investigações, que já estão causando problemas entre a alta cúpula.
Alguns acontecimentos ocorrem envolvendo dois frades e a camponesa por quem Adso é apaixonado. Os três são indiciados como hereges, sendo que a moça é vista como bruxa.
Um tribunal é realizado com a intenção de que eles confessem os assassinatos e sejam posteriormente queimados na fogueira.
No momento em que os réus são colocados na fogueira e a maioria das pessoas acompanhava o desenrolar dos fatos, Guilherme e Adso vão até a biblioteca para resgatar algumas obras.
O desenrolar dos fatos
Lá eles se deparam com Jorge de Burgos, um dos párocos mais idosos do mosteiro, que mesmo cego e decrépito era o verdadeiro "guardião" da biblioteca. Guilherme então se dá conta de que todas as mortes tinham como responsável o velho Jorge. Em um momento de confusão, inicia-se um grande incêndio na biblioteca, onde Jorge de Burgos acaba morrendo e Adso e seu mestre saem com vida carregando alguns livros. Por conta do incêndio no mosteiro, as atenções são desviadas do julgamento e das fogueiras, assim, a camponesa consegue escapar.
Adso e Guilherme saem do local e seguem rumos distintos na vida, nunca mais encontrando-se. Resta a Adso os óculos de seu mestre e a lembrança da paixão pela camponesa, que ele nunca soube o nome.